旧財団法人日本システム開発研究所は、学界、官界及び財界のすぐれた頭脳を広く動員することにより、システムズ・アナリシス、ＰＰＢＳ等の科学的手法を開発・応用し、我が国経済・社会が要求する国家的課題に対し、有効な方策を提供し、もって行財政の効率化に資することを目的として、民法３４条に則り、 昭和45年9月1日に大蔵大臣の許可を受け設立許可されました。（注：PPBS=Planning-Programming-Budgeting System）

平成13年1月6日、中央省庁等改革基本法の施行に伴い、財務省専管の財団法人となりました。

平成24年6月4日にプライバシーマーク認証を取得しました。

平成25年4月1日に旧財団法人日本システム開発研究所が行ってきた事業を 一般財団法人日本システム開発研究所に移行いたしました。

平成28年1月5日に品質マネジメントシステム適用規格適合証(ISO9001，QMS)を取得しました。

令和元年7月16日に情報セキュリティマネジメントシステム適用規格適合証(ISO/IEC27001，ISMS)を取得しました。